慈禧太后没有采纳这一主张，她认为应该首恶从严，协从从宽，这样既树立了权威，又打击了政敌，安定了人心。恭亲王也很赞同太后的想法，认为当务之急是安定局面，对肃顺私党应该分清情况，区别对待。
慈禧太后于十月二日、三日，连发两道上谕，命令大臣西拉布前往北京肃顺府邸查抄家产，派遣春佑前往热河查没肃顺私寓。这道查抄谕令，初一晚上秘密签发，行动结束之后，于初三日才送交内阁明发。
满洲王公贵族，特别是宗室成员，如果不犯叛国之罪，他们享有许多特权，主要特权就是不判死刑，不入刑部监狱，不上枷刑示众。
肃顺之流，与慈禧太后、恭亲王结怨太深，她和恭亲王自然一定要置他们于死地，以绝后患。这样，两宫太后传下谕旨，命恭亲王会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道大臣，会议如何处置肃顺、载垣、端华。
十月初五开始，恭亲王奉旨会同众大臣合议肃顺3人之罪。肃顺等人是奉遗诏为顾命大臣的，他们的行为基本符合祖制，如何定罪？实在是难为了众人。会议的结果，是久议不下，莫衷一是。
慈安太后心慈手软，大臣们久议不决，她没了主意，情上似乎有点对不起八大臣。她对慈禧太后说：妹妹，咱们已经赢了，是不是放他们一马？放了算了，都是黄带子、红带子，自家人！
慈禧太后冷冷地说：姐姐，你忘记了热河？他们竟敢那样欺负咱们，目无君上，擅入内廷！咱们今天放了他们，他们明天就会收拾咱姐俩!
慈安太后更没了主意：那，那怎么办？
慈禧太后依旧冷冷地说：杀。
慈安太后打了一个冷颤：杀？
恭王集团的重要谋士李慈铭，认为大权在握了，应当从宽处置肃顺之流。
刑部尚书赵光明白慈禧太后和恭王的意思，在会上，他愤慨地说：载垣、端华、肃顺，阻止太后垂帘听政，反对亲王辅政，矫诏赞襄政务，实为大逆不道罪，按律当凌迟处死！
此议一出，恭亲王大声说：好！
