大臣们面无人色，慌了手脚。有的想在家自杀，有的悄悄准备衣物，想连夜出逃。
十月二十九日，慈禧太后再降谕旨，申明当众烧毁信件、帐目：
因思载垣、端华、肃顺权势熏灼，肃顺管理处所尤多，凡内外大小臣工，赠答书函，均恐难与拒绝。当兹政令维新，务从宽大。
自今以后，诸臣其各涤虑洗心，为国宣力。
朕自当开诚相待，一秉大公，断不咎其既往，稍有猜疑。
所有此次查抄肃顺家产内帐目、书信各件，著议政王、军机大臣，即在军机处公所，公同监视焚毁，毋庸呈览，以示宽厚和平、礼待臣工至意。
大臣们大大地松了一口气，多少天来夜不能寐，提心吊胆，终于可驰然而卧了。
当年，肃顺处理科场案，祸连数百家，许多人倾家荡产、妻离子散。
这一次这么巨大的政变，政局天翻地覆，可是，慈禧太后最终才处死3人，处理16人：顾命八大臣，载垣等3人处死，5人处分；吏部尚书陈孚恩等6人和太监5人被处理。
仅仅一个月左右的时间，政权在握，政敌被清理，一切尘埃落定。慈禧太后从容不迫，内外臣工心悦诚服，赢得了一片赞誉之声；崇敬权力和领导手段的京师百姓，尤其对她称颂不已。
慈禧太后的政敌心服口服，她身边的侍从们对她更是五体投地。
震动最大的恐怕要算是恭亲王，他没有想到，一个瘦弱的女人，当然也是一个十分美丽的女人，怎么会有如此的胆识和能量？怎么会有这般非凡的魄力和胸怀？恭亲王感到心惊，也生平第一次感觉心里没底：他原先以为只要消灭了八大臣主政，他就可以亲操政柄，对政务驾轻就熟，因为对付两个小女人实在是易于反掌。谁知道，这两个小女人，严格地说，是一个慈禧太后，竟然这么厉害，真正不是等闲之辈。
史家这样记载：慈禧恢廓大度，出之以宽恕。训政之初，即定为首者之罪，其余一概不问，以免株连。因之，人人称颂，以得宽大美名。
