获得前线最高指挥权之后，曾国藩开始精心布置战事，全盘规划，一举收拾残局。他坐镇安庆，命令曾国荃攻打金陵，左宗棠进攻杭州，李鸿章进攻苏州，彭玉麟进攻长江下游；鲍超攻打宁国，运兰防守徽州，多隆阿攻打卢州，李续宜驰援颍州。
慈禧太后首肯了这套战略，交给曾国藩全权指挥。
战火纷飞，大大小小的血战，日以继夜，尸横遍野。
战事一日多变，前线忙碌得不可开交，曾国藩、李鸿章、左宗棠根本没有时间每天一奏战况。
慈禧太后一直十分关注东南战事，一日没有战报，心里就不踏实，夜里就睡不好觉。
慈禧太后指示李鸿章：现在江、浙遍地贼氛，只有镇江一隅，为进兵适中之地。着催李鸿章迅速赴镇，迟则此着又恐落后！该大臣身任统帅，事非越俎，不必稍避嫌怨，总期于事有济。江、浙军务，朕惟该大臣是赖！钦此。
李鸿章早就这么做了，接旨后大笑，说：太后也有些好手段！
慈禧太后更担心的是曾国藩兄弟，不知道战局如何。于是，她一再致书曾氏兄弟：现在曾国荃是否到营？李鸿章是否到镇？鲍超进规宁国是否到手？多隆阿等曾否分攻卢、寿？杨载福何时销假？与彭玉麟并图东下？着分别速奏！
圣谕、奏报纷纷之际，战事进入了白热化：三月十三日，曾氏五弟曾国葆取得荻港、旧县、三山夹大捷，四弟曾国荃在望城冈大破敌军；鲍超收复了青阳县，溪口、泾县相继克复。
曾国荃、曾国葆兄弟统大军分南北两岸东下，全力攻克金陵。西梁山素称金陵天险，被太平军视为门户，曾氏兄弟竟以轻兵攻克。
慈禧太后得到军报，十分高兴，决定给予嘉奖。可是，曾国藩说了：一门之内，数月之间，异数殊恩，有加无已，感激之余继以悚惧，恳求金陵未克之前，不再加恩！
慈禧太后再看曾氏上书，不禁笑了，还是要加恩：
曾国荃等宣力戎行，连克要隘，洵足以褫贼魄而快人心。曾国荃着交部从优议叙。曾贞干（国葆）着赏给迅勇巴图鲁名号。朝廷赏功罚罪，一秉大公，非独有厚于该大臣也。该大臣惟当督饬曾国荃等乘胜进攻，尽歼丑类，同膺懋赏，毋再固辞。
四月二十日，曾国荃会同彭玉麟攻克太平府，金柱关、东梁山、芜湖相继收复。太平军盘据金陵，就是以芜湖为天京屏障，以东、西梁山和金柱关为关锁。屏障、关锁尽失，金陵危在旦夕。
曾国荃、彭玉麟合计水6会攻金陵，曾国藩同意。
曾国荃率马步15营直逼金柱关下，彭玉麟统领水师从上游环击。曾氏大军，一路势如破竹，抵达太平府北门，攻克城池。彭玉麟将水师分为三队，攻陷金柱关。曾国葆沿江进发，攻克芜湖。三方形成包围之势，准备合力攻取金陵。
