江苏巡抚、安徽巡抚、湖广总督等交章奏请将曾氏生平事迹，交会史馆，并请在安微、湖北和他立功省份建立专祠。朝廷恩准。
慈禧太后得知曾氏去世，吩咐辍朝三日，以示哀悼。并颁发上谕：
大学士、两江总督曾国藩，学问纯粹，器识宏深，秉性忠诚，持躬清正。由翰林蒙宣宗成皇帝特达之知，荐升卿2。咸丰三年间，创立楚军，剿办粤匪，转战数省，迭著勋劳。
文宗显皇帝优加擢用，补授两江总督，命为钦差大臣，督办军务。
朕御极后，简任纶扉，深资倚任，东南底定，其功最多。江宁之捷，特加恩赏给一等毅勇侯，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。历任兼圻，于地方利病，尽心筹画，老成硕望，实为股肱心膂之臣。方翼克享遐龄，长承恩眷，兹闻溘逝，震悼良深。
曾国藩着追赠太傅，照大学士例赐恤，赏银三千两治丧，由江宁藩库发给。赐祭一坛，派穆腾阿前往致祭。加恩予谥：文正。入祀京师照忠祠、贤良祠，并于湖南原籍、江宁省城建立专祠。其生平政绩事实，宣付史馆，任内一切处分悉予开复，应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。其一等侯爵，即着伊子曾纪泽承袭，毋庸带领引见。其余子孙几人，着查明具奏，候旨施恩，用示笃念忠良至意。
慈禧太后深感悲痛，特地吩咐大臣，撰写三道祭文和石碑碑文。
御赐祭文称：
朕惟功懋懋赏，信圭表延世之勋；思赞赞襄，雕俎厚饰终之典。……
李鸿章撰写挽联：
师事近三十年，薪尽火传，筑室添为门生长；
威名震九万里，内安外攘，旷代难逢天下才。
左宗棠挽联哀悼：
谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅；
同心若金，攻错若石，相期无负平生。
这一年新年过后，慈禧太后感觉心一直高悬着，一刻没有踏实过。朝廷在办曾国藩哀事的同时，宫中正在准备着同治皇帝的大婚喜事，这一哀一喜，对于慈禧太后来说，都是令她伤痛的。
