胡学政收到厚贿，一味轻信验尸报告和众多证人证词，对案中矛盾之处不加分辨，也不仔细倾听两位当事人的陈述，依旧日以继夜地严刑逼供，杨氏、毕氏受熬不住，又一次含泪屈招。
胡学政回奏：原审无误。随奏将有关审理记录，全部附上呈奏。
慈禧太后对侍女说：如果属实，武举杨乃武也当从重惩办，凌迟处死！
杨菊贞、杨詹氏感觉绝望，就日夜跪在刑部门前。浙江籍贯的官员听到传出慈禧太后的懿旨，要从重惩办杨乃武，真有末日来临之感，他们一起合计，觉得只有重贿李莲英，才有转机，才能让这个冤案大白于天下。于是，他们用重金进献李莲英，将真相告诉他，请他奏明皇太后。
慈禧太后问及李莲英时，李莲英就将杨乃武的亲笔狱中辩供进呈给她。慈禧太后沉吟片刻，吩咐：刑部复审。并召帝师翁同龢入宫，任命他代理刑部右侍郎之职，负责审理此案。
浙江在京官员汪树屏代表浙江籍贯的3o余名官员．联名上书都察院、刑部，揭露浙江省地官员在审理杨乃武一案中，省、府、县三级，七审七绝，都是严刑逼供，屈打成招；这些朝廷命官，官官相护，上下包庇，草菅人命，欺骗朝廷，请求将一干人犯，全部解京审问，以查明真相，昭示天下。
御史王书瑞弹劾杨乃武案案情未确，疑惑众多，建议刑部复鞫。
慈禧太后开始认真关注此案，朱笔指示：反复研求，尽速核复！
当时，刑部六大堂官，主事的崇实、恩承二人卧病在家，没有到职；贺寿慈因赎职犯科，被御史弹劾，赋闲在家；具体办事的，就是绍祺和桑春荣，再加上新任命的帝师翁同龢。绍祺没有文化，办事没有主见，不敢负责；桑春荣新任刑部尚书，为人胆小怕事。这样，这场大案的审理重任，就完全落到翁同龢身上。
翁同龢接旨后，直接调取有关此案的卷宗，特别仔细地核查杨氏、毕氏二人招供、翻供的供词，从中发现疑团丛生。翁氏敏锐地发现：葛毕氏说刘知县之子刘子翰强奸她，浙江巡抚的原奏却只字不提刘子翰，胡学政复审回奏，干脆称其并无往来！翁同龢说：大有蹊跷！
翁先生先后访问了浙江在京官员多人，主要是官品、人品可信之人，包括帝师夏同善以及余君撰、张家襄、林拱枢等人。余君撰是刑部秋审处的总办，负责死刑犯的终审，为人公正严直，他也认为此案疑点太多，前后矛盾。林拱枢是正直大臣林则徐的三公子，当时是刑部浙江司的主稿，他也同意翁师傅的见解，认为此案可疑。
翁师傅又访问了在京余杭籍官员多人，特别是吴仲愚先生，吴先生旗帜鲜明地为杨乃武鸣冤，并仔细地分析案情，一一找出疑点。翁师傅感叹：不期而遇，与余见极合，亦矣哉！
调查清楚之后，翁同龢主持刑部堂会，就案中疑点一一列举，明白表示：案情一日不清，决不草率复奏！
刑部尚书桑春荣知道此案涉及大臣太多，不敢得罪人，害怕事情弄大，主张不宜节外生枝，维持原判。
刑部侍郎翁同龢坚持己见，驳斥尚书之意见。双方展开激烈争议，相持不下。
堂会最后决定，由帝师翁同龢代为起草奏折，请浙江巡抚答复案中所有疑窦、疏漏问题，驳令再审。
大臣李慈铭在日记中写道：闻主此驳者，全出翁侍郎同和力，与尚书桑春荣争而得之。定议驳奏若侍郎者，可谓不负所职矣！
