中路清军到达武昌之后，阿济格先是击退了占据荆州的忠贞营，然后打败了何腾蛟与忠贞营的联军，何腾蛟退回了长沙。阿济格出兵的主要目的不是攻打湖南，而是配合多铎两路夹击南京。五月，阿济格带领满汉大军六万余人，以勒克德浑为先锋，乘坐战船千艘，从武昌顺流而下。
任思齐亲自带领水陆大军五万，在芜湖挡住了清军的去路。阿济格营中的孔有德对水军极为熟悉，针对崇明军的坚船利炮，派出了大量的火船进攻好在崇明军对火攻并没陌生准备充分，才使得清军没有得逞。双方连番激战，相持不下，崇明军火炮火枪犀利，使得清军的陆路进攻也无功而返。此时多铎在瓜洲被茅十八水师击败，阿济格无奈之下只能放弃继续进攻。
任思齐刚占了大量的土地，急于消化成果，对撤退的清军也不追击。
阿济格退兵之后并不甘心，便派遣多路军队攻打湖南江西，试图从几个方向包围南京。五月，绿营兵总兵金声桓带兵攻占了吉安府，九月，绿营兵将领高进库打下了赣州。赣州乃是福建江西湖南广东四省要害，赣州的失陷意味着福建的门户被满清打开。
闻听赣州失陷，隆武帝扬言要御驾亲征，带兵夺回赣州，无奈所有的军队都掌握在郑芝龙兄弟的手里，总领大军的郑芝龙只想着偏安一方，并不理睬隆武帝的举动。
黄道周眼见郑氏家族按兵不动，军队诸部怯懦观望，已过花甲之年的黄道周对隆武帝表示：“与其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我为大臣，当先于皇帝而行，以为人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。
黄道周出钱，加上朋友资助，仅带万余两白银，携数名弟子慷慨出征。福建各地义民闻之而附，近万人加入他的指挥之下。这支拼凑起来的军队，全无作战经验，刚出福建便被清军击溃，黄道周也被清兵生擒。。
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