话说烟雨图及摺扇，此乃乾隆当年微服出巡时，和一名女子夏雨荷相恋时所留下之信物，如今时光已匆匆过了十九年，而小燕子看来也不过十八、九岁，再加上小燕子在昏迷时所隐约吐露出的找皇上之类的言语，更加使得乾隆坚信小燕子就是他的亲生骨肉。
而小燕子在清醒后，竟被乾隆的细心照顾及皇宫内的富丽堂皇所迷惑了，糊里糊涂地，便认了乾隆这个爹。紫薇四处寻找小燕子不成，深怕小燕子被当成刺客而被乾隆问斩，因而深深自责不已。不料，金琐却提出了不同的意见，认为紫薇如今遗失了其视之比生命还重要的摺扇和卷轴，又该如何呢？
小燕子身体终于逐渐康复，在令妃的陪同下，小燕子认识了永琪和尔泰，小燕子大刺刺的性格，使得她立刻就和两个年青人结成了好友。
第4集善妒的皇后对于乾隆长期以来的风流韵事早有不满，此回乾隆居然平白无故冒出了个来自民间的女儿，又被令妃所照料着，更是使她心有芥蒂，强烈排斥着小燕子。但乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。
在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”并准备在祭天大典时，召告天下世人。紫薇于祭天大典时发觉小燕子竟成了格格，这使她惊讶不已，直觉认定小燕子背叛了自己，因而在街上情绪失控的大吼，却换来了官兵们的一阵毒打。
尔康发觉事有蹊跷，将紫薇带回家中疗养，加上紫薇对于夏雨荷之事的详尽叙述，使得众人对於小燕子的身份，开始起了怀疑。
第5集小燕子为求能见紫薇一面，居然将自己化妆成了小太监，并打算趁深夜里偷溜出宫，但皇宫禁备深严，岂会让她如此轻易地就离开。乾隆得知此事后，虽然原谅了小燕子，却也坚定了乾隆要好好教导小燕子礼数的决心。
紫薇得知了小燕子伪装出宫欲见自已之事而感动不已。在尔康及尔泰的建议下，众人决议将事实告知永琪，透过永琪的里应外合，尽快让紫薇及小燕子见面，好让事情及早水落石出。
小燕子在永琪和尔泰的面前，竟然没推托的便将事实全招了，而当她得知紫薇如今在福家之时，更是雀跃不已，不分由说的就要立即去见紫薇。
永琪适时向小燕子分析了事情的严重性，小燕子这才知道自己犯下了欺君大罪。此时，正巧皇后来探，小燕子不慎冒犯皇后，而被容嬷嬷打了一耳光。永琪见情势危急，急忙请出了乾隆。
第6集小燕子和皇后间的风波在乾隆的出面後终告平息，但皇后对小燕子的敌意却是更加的浓厚了。小燕子漏夜写了封信托永琪带给紫薇，原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是
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