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慈禧太后经过精心策划，慈安太后默许，恭亲王配合默契，这场政变取得了决定性的胜利，她很从容地坐上了象征权力的鎏金宝座，而她的对手则被关进了牢狱。她知道，现在还不是松一口气，驰然享受的时候，下一步最为紧迫的事情就是要稳定人心，组成以太后为核心的新一代统治集团，牢牢地控制局面。要做到这一点，则必须大奖功臣，惩罚顽敌，安定众臣。
慈禧太后要奖励的第一大功臣，自然是与她共事珠联璧合的恭亲王。
慈禧太后发布的第一道谕旨，就是任命恭亲王为议政王。
十月初一日，两宫皇太后连续发布两道谕旨，正式委任恭亲王为议政王，兼军机大臣，明确指示他参决国家大事，负责军机处事务，军机大臣由他自己挑选。
恭亲王选定了军机大臣，奏请两宫太后批准：原班军机大臣，只有文祥一人留任；新选定的军机大臣，包括大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆；鸿胪寺少卿、军机章京曹毓英，为军机大臣上学习行走。
恭亲王奏准慈禧太后，将新的政府班子组阁情况，函告朝野大臣、封疆大吏，告知：肃顺为首的所谓赞襄八大臣一伙，已经被逮捕；废除赞襄政务大臣期间的一切决定；今后所有廷寄奏章，一律使用”议政王军机大臣”字样。同时，通知英、法等国在京公使，告知新政府改组情形，以取得各国的支持。
也在这一天，慈禧太后接着授予恭亲王为宗人府宗令，管理宗人府一切事务。这是负责皇族事务的最高行政长官。宗令的一大职责，就是全权审理宗室成员案件。也就是说，恭亲王有权处理载垣、端华、肃顺等犯罪之宗室成员。
十月初二日，慈禧太后又连发两道上谕，补授恭亲王为总管内务府大臣，全权管理负责皇宫内外事务的内务府一切事务；并授权他，全权管理宗人府银库。
这样，恭亲王集内外一切权力于一身了：首席军机大臣，负责国家军政事务；宗令，负责皇族事务；内务府大臣，负责皇宫事务，包括宫廷内外礼仪、财务、人事、禁卫、工程、日用、奖惩等等大小事务和满洲上三旗军政事务、皇室内外财务。
大臣们更为关注的是如何清理肃顺党人，是彻底收拾还是有所保留？
少詹事许彭寿深思熟虑，特地上了一道折，提出了四点建议：一是门禁宜严，二是查抄宜速，三是查办党援宜严密，四是狱中囚犯宜省释。许詹事的这道折子，中心意思是查办肃顺私党，而且应该从速从严。
