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慈禧太后非常高兴，传谕：
曾国藩调度各军，迭克名城要隘。现在，九伏洲亦将得手，指日可抵金陵。惟江北都兴阿一军，尚形单薄，宜如何添兵布置，以防逆匪北窜，该大臣亦须妥筹兼顾。钦此。
五月初一日，曾国荃进攻金陵雄镇之称的大胜关右辅之秣陵关，守军举关投降。大胜关、三叉河等重要军事要隘，随之荡平。六月，攻克宁国府，并在雨花台展开血腥争夺战。金陵周围的重要城镇，相继攻克。到十月初，太平军援军被击败、击溃。战局迫使各地的太平军主力回撤，这样，双方在金陵之地，展开最为惨烈的天京保卫战。
曾国藩精心布局收复金陵，上书攻取方略。
慈禧太后赞成决战方略，并特地颁谕奖励：
苏、浙诸贼酋，因官军逼攻金陵老巢，大举来援，号称数十万之众。明攻暗袭，意图吞噬各营，合犯上游，贼计甚为狡恶。
经曾国藩饬令曾国荃督率各营将士，以孱病之余，当穷凶之寇，苦战力守四十余日，以寡敌众，出生入死，竟能力挽危机，保全大局。
伪忠、侍两逆渠计索鼠窜而去，金陵大营危而复安。详览折中所叙战状，各营将士坚忍奋力，谋勇兼施，深堪嘉尚。全营立脚已定，仍应严密防守，徐图进攻之策。苏州等处援贼，经此惩创，自不复敢正视。惟伪忠逆回苏之后，分党留守金陵，并分股力攻九伏洲。李世忠未知能否堵御？宁国、旌德同时吃紧，鲍超、张运兰、朱品隆诸军尚属羸病之余，着曾国藩照所拟各策分兵往援为要！
江苏布政使曾国荃，着赏给江绸、黄马褂料一件，小卷江绸袍料一件，白玉喜字翎管一枝，白玉柄小刀一把。曾贞干着加恩以知府用。
同治二年正月，太平军忠王李秀成，统兵2o万人发动反攻。
曾国藩东下视察，调整和布置新的作战方略。
三月初，太平军主力遭受重创，许多都被消灭。慈禧太后授曾国荃为浙江巡抚，左宗棠为闽浙总督兼署浙江巡抚。
曾国藩上书朝廷，表示辞谢。上谕回复：
曾国藩奏为伊弟国荃恳辞巡抚恩命，并曾国荃奏恳收回成命各折。曾国荃自统帅南下以来，迭复沿江名城要隘。驻雨花台，连破逆垒……勋绩卓著，宜擢授浙江巡抚。
