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一四三
这场风流冤案，很快传遍各地。刘知县知道官场的道数，将审讯结果立即告知上司，奏请先将杨乃武革去武举人身份，并吩咐下属日夜不断突击审讯，严刑拷打。杨乃武受不了酷刑，只好招供，承认自己与葛毕氏私通，合谋毒杀其夫。
刘知县自鸣得意，立即将审讯结果和县中法医验尸报告一同上报知府，请求二审。
杭州知府陈鲁，早已听说此事，幸灾乐祸——他本来就痛恨读书人，夙喜与士人为难，他提来二人到府衙，根本不去查究案情真伪，不容杨、毕二人置辩，只是一味地严刑威逼。重刑之下，二人不堪皮肉之苦，再次含泪屈招。
陈知府格外兴奋，依据刘知县提供的药房老板钱宝生之买药证明、县级和府级所得口供，当场定案，拟定为：葛毕氏凌迟处死，杨乃武斩首示众。
陈知府踌蹰满志，将此风流命案报省审核。
浙江巡抚杨昌濬、按察使蒯贺孙接到这个命案后，曾派人复审，不了了之。他们觉得，杨、毕二人都已招供，还有不少相关证人和证据，也就没有深入审核，草草定案，并以案情确凿、无冤无滥之定案，上报刑部。
刑部接到命案，对案情进行复审。
这个时候，杨乃武的姐姐杨菊贞和杨乃武的妻子杨詹氏来到北京，到刑部和都察院分别递呈冤状，是杨乃武在狱中写的亲笔辩供词，称知县之子刘子翰因敲诈勒索不成，就串通其父亲刘知县，对其进行陷害。
刑部据此呈奏，立即指示浙江巡抚杨昌濬重审。杨巡抚亲自重审，结果，杨、毕二人翻供，哭诉严刑之下被逼招供，根本没有合谋杀人之事。葛毕氏还供出自己遭到刘子翰强奸以及刘子翰与衙役何春芳、牢头阮得入狱威逼情形。
复审至此，杨巡抚觉得自己严重失职，为了自己的官位，也为了包庇自己信任的属官，竟然迁怒于刑部，倒打一耙，指责刑部没事找事。此案就这样搁置下来，杨、毕二人还是关在狱中。
同治十三年八月，杨乃武的姐姐和妻子再次入京，第二次分别向刑部、都察院、步军统领衙门投递诉状，申诉冤屈，并向在北京的浙江籍贯的官员哭诉冤情。
这场风流命案，早就在北京传得沸沸扬扬。北京的浙江籍贯官员，最初听说此事，对新科武举杨乃武恨之入骨，认为他简直就是衣冠禽兽，切齿痛恨之下，惟恐其漏刑，盼其速速处死，以平民愤。
这时，看到这份冤情，知道了案情真相，他们无不表示同情，决定对此案进行干预，要求查明真相。
御史边宝泉特地上了一道折子，严厉指责浙江巡抚严重失职，面对如此人命关天的案子，竟然粗心马虎，居心不公。
慈禧太后接到奏章，十分愤怒，指示浙江学政胡瑞澜复审此案。
